Comitê Gestor
É responsável por aprovar a solicitação de materiais de consumo, custeios e bolsas, orçamentos e relatórios financeiros apresentados por cada equipe. Além disso, analisa demandas advindas das Comissões de Pesquisa e Extensão e Difusão. É composto pelo Coordenador do INCT-SANI, o Prof. Dr. Paulo Sérgio Boggio, pelos professores Claudinei Eduardo Biazoli Jr., João Gabriel Nunes Modesto, Lisiane Bizarro Araujo, Ronaldo Pilati Rodrigues e por um técnico da equipe do Escritório de Apoio ao Pesquisador (Núcleo de Apoio à Gestão de Projetos - NAP Mackenzie).
Comissão Científica
É responsável por acompanhar as atividades científicas específicas dos grupos que compõem o INCT-SANI Aponta lacunas, recomenda ajustes e mudanças nos estudos propostos e prospecta pesquisas futuras; apresenta editais nacionais (federais, estaduais ou privados) para ampliar a captação de recursos financeiros para a sustentabilidade do Instituto; e cria condições de intercâmbio de bolsistas nacionais para laboratórios em outros estados, e vice-versa. É composto por 5 membros nacionais advindos das instituições parceiras do INCT-SANI.
Comissão de Extensão e Difusão
É responsável por elaborar propostas e materiais de extensão e difusão a partir dos estudos e resultados de pesquisa do INCT-SANI. Promove ações de extensão e difusão voltados a diferentes públicos; interage com as Pró-Reitorias de Extensão e similares, bem como com os departamentos de Comunicação, Assessoria de Imprensa e similares de cada instituição parceira. É composto por três membros nacionais do INCT-SANI e um bolsista de extensão.
Comissão Internacional
É responsável por i. acompanhar atividades científicas gerais do INCT-SANI e dos parceiros internacionais, apontar lacunas, recomendar ajustes e mudanças nos estudos propostos, sempre sinalizando ao Estado da Arte na temática, para fomentar pesquisas futuras; ii. apresentar editais internacionais para ampliar a captação de recursos financeiros para a sustentabilidade do Instituto; e iii. criar condições de intercâmbio de bolsistas nacionais no exterior e vice-versa. É constituída por 5 membros estrangeiros.